Skjeden har en normalflora med bakterier som beskytter skjeden mot infeksjoner.
Hvis det oppstår ubalanse i normalfloraen, kan det gi plager og endret utflod. Ved aerob vaginitt er det for lite melkesyrebakterier og for mange av såkalte aerobe bakterier som kan gi endret utflod eller en betennelse i skjeden.