Kuler/cyster: Kjertler kan stenges inne og danne cyster som vokser over tid. Dette kan både være vanlige kjertler, men også hvis vanlig hud blir sydd mot hverandre slik at hårsekker blir stengt inne (bretting). Det kan lett oppstå betennelse i disse. Cystene kan også sitte bak infibulasjonen i skjedeinngangen, slik at de ikke er synlige fra utsiden, men føles som press nederst i underlivet. Cyster må ofte opereres.

Vannlating: Mange som er infibulert har kun ett hull på kanskje 1 cm, eller så lite som et fyrstikkhode, hvor både urin og menstruasjon skal passere. Dette kan gi store plager ved vannlating og menstruasjon.

For mange kan det ta lengre tid å få tømt seg skikkelig. Dette kan være svært sjenerende, særlig for unge jenter som må bruke lang tid på toalettet i skole og jobbsammenheng. Urinen kan også sprute mer i forskjellige vinkler enn vanlig hvis det ikke er rene kanter etter omskjæringen.

Det er også sett økt hyppighet av urinveisinfeksjoner ved grad 3 omskjæring.

Noen kvinner får mer plager og smerter ved vannlatning i perioden man har mensen. Da blir det mer væske som kan hope seg opp på innsiden, slik at dette vil presse på. Dette kan også gi skader på vevet og kan gi fistler mellom urinrør og skjede. 

Menstruasjonssmerter: økte smerter, ofte som et press mot underlivet på grunn av opphopning av blod. Ofte kan menstruasjonsperioden vare lengre da det tar lang tid å få blodet ut. I svært sjeldne tilfeller kan blodet hopet seg opp i skjeden og gi en livstruende tilstand, kalt hematokolpos. Det er også sett en økt risiko for bekkeninfeksjoner.

Vanskelig å bli gravid: Noen studier tyder på at risiko for infertilitet øker med omfang av kjønnslemlestelse. Kvinnene er ofte opptatt av å bli gravide, og det kan være årsaken til at de kommer på kontoret. Da kan det være fint å få avklart om de er omskåret.

Seksualitet: Infibulasjonen må åpnes for å gjennomføre samleie. I enkelte land blir man åpnet av helsepersonell ved bryllupet, andre steder blir man åpnet av partner enten med kniv eller ved at penis skal åpne opp. Det kan ta lang tid om kvinnen er sydd slik at åpningen er liten, og det kan derfor gi smertefulle samleier over lang tid. Noen par får ikke til å gjennomføre samleie hvis det ikke er åpnet nok eller kvinnen skal åpnes ved samleie.

Arrvev eller nerveender kan føre til at berøring blir smertefullt eller at man blir overfølsom som gjør samleie smertefullt selv etter åpning. I noen kulturer er det kun mannens tilfredsstillelse som teller. Noen kvinner er derfor bekymret for at mannen får mindre stimuli hvis man åpner, og er bekymret for at det kan føre til skilsmisse.

Ved fødsel: Infibulasjonen må som regel åpnes for å gi plass til babyen under fødsel. Jo mer omfattende og jo lengre tid det går fra infibulasjon til åpning, jo større fare for alvorlige skader. Hvis kvinnen ikke er åpnet før graviditet bør hun åpnes mellom 3. og 6. svangerskapsuke.

Hvis kvinnen er åpnet før fødsel er det likevel større risiko for rifter da vevet rundt skjeden kan være mindre elastisk på grunn av arrdannelser. Helsedirektoratet har laget en veileder for åpning ved fødsel. Se under.